서 전 실장은 해양수산부 공무원 이씨가 북한군에 피살된 다음 날인 2020년 9월23일 오전 1시 관계장관회의에서 충분한 근거없이 이씨의 자진 월북으로 판단, 이와 배치되는 첩보를 삭제하라며 서욱 전 국방부 장관, 박지원 전 국가정보원장 등에게 지시했다는 의혹을 받고 있다.
서 전 실장은 해양수산부 공무원 이씨가 북한군에 피살된 다음 날인 2020년 9월23일 오전 1시 관계장관회의에서 충분한 근거없이 이씨의 자진 월북으로 판단, 이와 배치되는 첩보를 삭제하라며 서욱 전 국방부 장관, 박지원 전 국가정보원장 등에게 지시했다는 의혹을 받고 있다.